
Timur'un oğlu Şahruh ise, babasının devlet idaresinde ön plana çıkardığı Türk-Moğol geleneklerini ve Töre'yi bir tarafa bırakarak İslami gelenekleri benimsedi. Herat şehrindeki medreselerde ve ibadet yerlerinde görev yapan ilim ve din adamlarının da Sünni İslam'ı desteklemelerini sağladı. Bu arada özellikle Horasan'ın bir kısmında, Gilan ve Mazenderan bölgelerinde güç kazanan Şiiliğe karşı bir mücadele başlattı. Bu sebeple kendisine 1427 yılında bir Hurufi tarikatı mensupları tarafından başarısız bir suikast gerçekleştirildi.
Söz konusu dönemde Şahruh'un uyguladığı bu siyaseti halk arasında destekleyen kurum Nakşibendilik olmuştur. Nakşibendi tarikatının temelleri Orta Asya tasavvuf geleneğinin en önemli isimlerinden olan Hoca Yusuf Hamedani tarafından atılmıştır.
Vefat ettiği zaman arkasından gelen iki öğrencisi, Hoca Ahmed Yesevi ve Abdülhalik Gucduvanî zikir yöntemi konusundaki görüş farklılıkları sebebiyle iki ayrı akımın temsilcisi oldular. Sesli zikri benimseyen Hoca Ahmed Yesevi, Yesevilik anlayışını, sessiz zikri benimseyen Gucduvani ise Tarika-i Hacegân adı verilen bir yolu benimsedi.
Yesevilik daha çok Maveraünnehr bölgesinde ve özellikle göçebe Türkler arasında yayılırken, Gucduvaninin öğretisi daha çok Horasan'da ve Harezm bölgelerinde yayıldı.
Timur döneminde yaşayan Bahauddin Nakşibend, Gucduvanî tarafından konulan prensiplere "uveysilik" ve "rabıta" şeklinde iki ilkeyi daha ilave ederek "Haceganlık" anlayışını yeniden düzenledi ve Nakşibendilik akımını kurdu. Genellikle silsilelerini Hazreti Ali'ye bağlayan diğer tarikatlardan farklı olarak, silsilesini Hazreti Ebubekir’le başlatması ve Sünni geleneğe sıkı bir bağlılık göstermesi sebebiyle Nakşibendilik, Timurlular döneminde idareci kadrolardan büyük siyasi destek gördü. Böylece bu tarikat yerleşik halk tarafından hızla benimsendi ve Maveraünnehr, Harezm, Horasan gibi bölgelerin Sünnileşmesini sağladı.
Sonuç olarak Timurlular devri, Orta Asya'da Sünni İslam'ın kökleştiği, Nakşibendi tarikatının da en üst noktaya çıktığı devir oldu. Özellikle Timurlulardan Sultan Ebu Said'in Hoca Ahrar'la münasebetlerinin artmasıyla Nakşibendilik devlet idaresinde büyük bir alâka uyandırdı ve Ebu Said döneminden itibaren neredeyse bütün hanedan prensleri bu tarikatın müritleri oldular.
Timurlulardan sonra Orta Asya'da hâkim olan Özbek hanları devrinde de bu gelenek devam edecek ve bu tarikat tarih boyunca idareci mümtaz kişilerle yakın münasebet içerisinde günümüze kadar varlığını sürdürecektir.
Bahauddin Nakşibend'in öğrencileri devrinde, özellikle Ubeydullah Ahrar'dan sonra Nakşibendilik Orta Asya sınırlarını aşarak Hindistan'a, Çin'e, Irak'a, ve Osmanlı topraklarına yayıldı.
Nakşibendilik Anadolu'da
Orta Asya ile Anadolu arasındaki dini münasebetin bilhassa Timur sonrası devirde çok yoğunlaştığı görülmektedir. Daha sonraki yüzyıllarda Osmanlı coğrafyasında çok yaygınlaşacak olan Nakşibendilik, bu devirde, Ubeydullah Ahrar’ın; Emir Ahmed Buhari, Bedreddin Baba, Baba Haydar Semerkandi ve Nimetullah Nahcivani isimli dört müridi tarafından Türkistan’dan getirilmiştir.
Bunlardan en etkilisi Ahmed Buhari olmuştur. Anadolu’dan Ubeydullah Ahrar’ın yanına giden Simavlı Abdullah İlahl, Anadolu’ya dönerken Emir Ahmed Buhari’yi de yanında getirdi. Bir müddet Simav’da kalan Buhari, 1477 yılında İstanbul’a geldi ve Sultan II. Bayezid’in desteğiyle Fatih bölgesinde ilk Nakşibendi dergâhını kurdu. Daha sonra kendi çabalarıyla Ayvansaray'da ve Kanuni Sultan Süleyman'ın desteğiyle Edirnekapı'da iki tekke daha açtı.
Emir Ahmed Buhari'nin 1516'da vefatından sonra talebeleri bu üç dergâhı devam ettirdiler ve Nakşibendiliğin Osmanlı başkentinde yayılmasını sağladılar. Abdullah İlahi ise Balkanlar'a, Selanik bölgesine gitmiş, Vardar Yenicesi'nde dergâhını kurmuştu. Ahrar'ın diğer öğrencilerinden Bedreddin Baba Edirne'de yerleşti ve vefat edinceye kadar Nakşibendiliğin yayılmasına çalıştı.
Baba Haydar Semerkandi, uzun yıllar Mekke'de kaldıktan sonra İstanbul'a geldi ve Sultan Süleyman tarafından adına inşa edilen bu camide şeyh oldu.
Nimetullah Nahcivani ise bir süre Akkoyunlu bölgelerinde dolaştıktan sonra Anadolu'ya geldi, Akşehir'e yerleşti ve vefat edinceye kadar öğretisini orada sürdürdü.
Bu ilk Nakşibendi liderlerini daha sonraki yüzyıllarda yenileri izleyecek, bilhassa Buhara'dan gelen çok sayıda Nakşibendi şeyhi Osmanlı coğrafyasına gelip yerleşeceklerdir. Bütün bunların neticesi olarak Nakşibendilik, Orta Asya'da olduğu gibi, Osmanlı’da mümtaz şahsiyetler arasında da kabul görecek ve idarenin desteğiyle Osmanlı şehirlerinde en etkili tarikat haline gelecektir.