Babasının vefatı üzerine Sultanlığa ağabeyi birinci Keykavus seçildi. Bunu kabul etmeyip tahta geçmek isteyen Keykubad, Erzurum meliki Tuğrul Şah ile anlaşarak Kayseri’deki ağabeyinin üzerine yürüdü. Fakat taraftarları ağabeyi ile birleşince Ankara Kalesine sığındı. Keykavus, Ankara Kalesini kuşatarak Keykubad’ı ele geçirdi ve Malatya’daki Minşar Kalesine hapsetti.
Keykavus’un ölümü üzerine 1220 yılında tahta çıktı. Onun genişleme ve büyük devlet haline gelme siyasetine devam etti. Önce, Ermenilerle Doğu Latinler arasındaki çatışmadan faydalanarak Ermenilerin elindeki Kalonoros Kalesini aldı. Yeniden inşa edilen ve sağlam surlarla çevrilen şehre Sultan’ın ismine izafeten Alaiye (Alanya) ismi verildi.
Bu sırada Artuklulardan Diyarbekir hükümdarı olan Mes’ud’un Keykubad adına okunan hutbeyi kaldırması üzerine buraya Mubarezeddin Çavlı kumandasında bir ordu gönderdi. Bu ordu, Mes’ud’un ordusunu yendi ve Çemişgezek gibi bazı kaleleri ele geçirdi. Ayrıca, Eyyubi hükümdarı Melik Eşref’in yardımcı olarak gönderdiği kuvvetleri de bozguna uğrattı. Bundan sonra, Eyyubilerle iyi geçinmek isteyen Alaeddin Keykubad esir aldığı Eyyubi kumandanlarını serbest bıraktı. Aynı şekilde Melik Mes’ud’u da bazı hediyeler mukabili yerinde bıraktı.
Sultan Alaeddin, Trabzon-Rum İmparatorluğunun gücünü kırmak için Sinop’ta bir donanma kurdu. Bu arada Selçuklu tüccarlarının şikayetleri üzerine Kastamonu emiri Hüsameddin Çoban’ı Karadeniz donanmasıyla Kırım Seferine memur etti. Emir Çoban önemli bir ticaret şehri olan Sugdak’ı fethetti. Şehirde bir cami inşa ettirdi ve askerlerini yerleştirdiği bir garnizon kurdu. Ruslar, Sugdak’ın Selçuklu hakimiyeti altına girmesini tanımak zorunda kaldılar.
Güneyden gelen ticaret yollarını tehdit eden küçük Ermenistan krallığını cezalandırmak üzere Mübarezeddin Çavlı ve Mübarezeddin Ertokuş kumandasında bir ordu göndererek İçel’i devletin toprakları arasına kattı.
1226-28 tarihleri arasında Mengücüklerin başına geçen Davud Şah bin Behramşah’ın Anadolu Selçukluları aleyhine Tuğrul Şah, Harezmşah Celaleddin Mengüberdi ve İsmaili reisi Alaeddin’le ittifak ettiğini duyan Alaeddin Keykubad, bunlara karşı harekete geçerek Erzincan, Kemah ve Şebinkarahisar’ı devletine kattı. Bu esnada Celaleddin Mengüberti Ahlat’a saldırdı. Bunun sonucu Yassıçimen’de 1230’da vuku bulan savaşta Celaleddin’i büyük bir yenilgiye uğrattı ve Erzurum’u kolayca ele geçirdi. Ancak Türk ve Müslüman devletler arasında vuku bulan bu savaşlar, Anadolu'ya doğru harekete geçen Moğolların işini kolaylaştırmaktan öte bir işe yaramadı. Bilhassa Harezmşahların gücünün kırılması, Moğollar önünde durabilecek önemli bir kuvvetin ortadan kalkmasına sebeb oldu.
Nitekim Gergoman Noyan komutasındaki Moğollar Sivas’a kadar gelerek, buraları yakıp yıktılar. Selçuklu kuvvetleri, Moğolları Erzurum’a kadar takip ettiyse de yetişemedi. Bu Moğol akınının, Gürcü kraliçesi Rosudan’ın tahrikiyle meydana geldiğinin anlaşılması üzerine, Gürcistan’a sefer düzenlendi. Gürcülerle yapılan savaşlarda, Gürcü kuvvetleri bozguna uğratıldı ve yapılan anlaşmayla Gürcistan’da bazı kaleler, Anadolu Selçuklu Devletine bırakıldı.
Moğol tehlikesini gören Alaeddin Keykubad, doğu sınırlarını sağlamlaştırdı. Bu sağlamlaştırma esnasında Ahlat feth edildi. Ancak bu fetih, Eyyubilerle arasının bozulmasına yol açtı. Eyyubilerin gönderdikleri orduyu, Torosların güneyinde yenerek, Harput ve Urfa’yı ele geçirdi. Vefatından önce gelen Moğol elçilerini ustaca idare ederek, Anadolu’yu Moğol istilasından kurtardı. 1237’de Kayseri’de vefat etti.
Alaeddin Keykubad, büyük bir siyasetçi ve asker olduğu kadar da ilim adamıydı. Alimleri sarayında toplar, onları korurdu. Saltanatı müddetince Anadolu’da geniş çapta imar hareketlerinde bulundu. Yaptırdığı kervansaray, kale ve sarayların kalıntıları Anadolu’nun muhtelif yerlerinde hala bulunmaktadır.
